当前位置: 首页 >> 学术信息 >> 正文

Scalable Metagenomics Sequence Assembly Using Apache Spark

作者:黄文彬  发布时间:2018年10月18日 12:21  点击:

题目:Scalable Metagenomics Sequence Assembly Using Apache Spark

地点:宝山校区东区机自大楼702B室

时间:2018年10月19日10:00-11:00


报告内容简介: 复杂生物背景下,多物种混合宏基因组序列组装技术是重建全长基因的关键,本报告介绍基于Apache Spark分布式环境的宏基因组序列组装方法,为降低组装的错误率,将组装分成聚类和按类组装两个过程,在保证组装速度和准确性的情况下将组装对象扩展到1T以上序列数据集;并对上述聚类和按类组装算法中参数进行优化方法,自动地对参数优化配置,为应对错杂的宏基因组序列“数据泛滥”问题提供新思路。


报告人简介:邓丽,女,博士后,硕士生导师。上海大学机电工程与自动化学院自动化系副教授。研究方向为生物宏基因组大数据分析、智能优化算法、多媒体信息处理与分析等方面的研究工作,取得了一定成果。负责和参与国家、省部级和重大企业委托项目十余项,以第一作者或通信作者公开发表学术论文40余篇,其中SCI和EI检索10余篇,授权专利2项。

 

版权所有 © 上海大学   沪ICP备09014157   地址:上海市宝山区上大路99号(周边交通)   邮编:200444   电话查询
技术支持:上海大学信息化工作办公室   联系我们    管理登录