自动化系以“仪表-电气-控制”工程领域技术发展对于人才培养和科学研究的需求为学科建设与发展的推动力，注重产学研用结合与国际合作开展学科建设。自动化系在我国电力传动和电气自动化学科的奠基者之一陈伯时教授等老一辈专家学者的开拓带领下，历经过去20余年的发展，经过承担“仪电自动化”和“电气工程”等5个上海市和上海市教委重点学科的建设，以及“211工程”一至三期重点项目建设，业已形成了涵盖控制科学与工程、电气工程、仪器科学与技术三个学科领域的多个学科方向。目前，自动化系已顺利完成了上海市控制科学与工程高原学科II期建设，以及上海市高水平地方高校医工结合一流学科方向建设。

目前，全系有教职员工近100人，其中正高23人，副高36人，45岁以下的青年教师占专职教师的50%以上，他们中85%以上具有博士学位，已形成老中青结合、知识结构合理、富有创新意识、锐意进取的教学与科研队伍。自动化系建有自动化本科专业，2个一级学科硕士学位授予点，1个专业硕士学位授权点，1个一级学科博士点，1个博士后科研流动站。分别于1990年获得国内首批电力传动及其自动化博士点，1997年更名为控制理论与控制工程，2003年获得控制科学与工程博士后流动站，2007年获得仪器科学与技术一级学科硕士点，2010年获得控制科学与工程一级学科博士点和硕士点。

目前，自动化系已形成了较为完备的自动化领域的专业人才培养体系，每年承担着500余名在校本科生和600多名在校研究生的教学培养任务。

自动化系在基础理论研究和前沿技术研发方面注重国内外合作，与美国、德国、英国、法国、日本等国相关著名高校和研究所保持长期合作研究。拥有2个校企合作的上海工程技术研究中心，与宝钢集团宝信股份、电气集团自仪股份分别建成了2个上海市研究生联合培养基地，建成了科技部复杂网络化系统智能测控与应用学科创新引智基地，上海市智能自动化与网络化控制国际联合实验室，上海市电站自动化技术重点实验室，国际产学研模式的中英能源与自动化联合实验室，与英国伦敦大学学院（UCL）合作的低碳能源系统智能测控联合实验室，中澳智能与网络化系统联合研究中心，以及复杂网络化系统智能测控与应用（IMC）国际科研联盟等。在工程应用技术研发方面，注重产学研用合作发展模式，与上海电气、宝钢集团、浙江温岭、中科院深圳高等研究院、上海产业发展研究院等一批企业与地方合作共建研发平台，联合承接了一大批国家和省部级科研攻关项目。

自动化系注重国际国内学术交流与合作，每年都承办国际研讨会和国内学术会议。目前，自动化系是国际自动控制联合会（IFAC）复杂大系统技术委员会主席单位，中国仿真学会、中国系统工程学会副理事长单位，中国仪器仪表学会常务理事、中国人工智能学会理事单位，上海市仪器仪表学会理事长、上海市自动化学会副理事长、上海市人工智能学会副理事长单位等，以及中国仪器仪表学会嵌入式仪表及系统技术分会、中国系统仿真学会生命系统建模仿真专委会等国家二级学会的挂靠单位。近年来成功组织第40届CCC中国控制会议、LSMS&ICSEE2020、IEEE RASSE2020、ANZCC2018、IEEE CCIS2018、IMIOT & ICSEE2018 、LSMS & ICSEE2017、LSMS & ICSEE2014、AsiaSim2012 & ICSC2012等重要国际会议，具有前沿的国际国内学术交流平台，并与国际、国内同行建立了广泛的联系。